约三千万年以前，在地球遭到袭击面临巨大变异危机的时候，以为巨人挺身而出拯救了人类超古代文明。巨人把自己战斗的躯体隐藏在“迪迦地区”后，化作光离开了地球。21世纪初期，地球不再有侵略和战争，人类期盼已久的和平终于到来了。地球防卫军组织也因此完成了历史使命，TPC(地球和平联合)组织成立，人类迎来了新的的时代。但是，在实现世界性非武装化的2007年，地球又突然出现了怪兽。如超古代文明人幽怜所预言：二大怪兽哥尔赞及美尔巴出现了。在怪兽攻击的目标--金字塔内，发现了3座巨大的石像。2座巨像被怪兽摧毁了!在这紧要关头，有着超古代人遗传子、属于地球和平联合特搜队(TPC) 。GUTS分队的大古队员、全身被光所包围，并融身于剩下的1座巨像内--迪迦奥特曼在现代复活了！迪迦的故事随之展开。
